fatal error C1020: 予期しない #endif です。

#ifdef _WIN32

#include "stdafx.h"

#endif

これをやると怒られるんですよね。

どうやら
引用
http://tessy.org/wiki/index.php?%A5%E1%A5%E2#med01e84

"stdafx.h"をインクルードすると，それ以前のプリプロセッサ行は無視されるらしい．

だかららしい。

以下のような解決法もあるようで。
参考
stdafx.h - 備忘録

まぁ僕はプリコンパイル済みヘッダーを使用しない設定にしました。
#include "stdafx.h"を消したら消したでVCに文句言われるしな〜と思って、おもむろにファイルを右クリックして
プロパティから[C/C++]->[プリコンパイル済みヘッダー]->プリコンパイル済みヘッダーを使用しないにしたら、そのファイルは#include "stdafx.h"を消しても警告がでなくなった。

プリコンパイル済みヘッダーの使用ってファイルごとに決められたのね。まぁあたりまえっちゃあたりまえか。
プロジェクトごとにしか設定できないのかと思ってた。